Oto najczęściej popełniane błędy powstające na etapie planowania budynku:
1. Pierwszym, podstawowym błędem jest niezaplanowanie w nowym budynku wentylacji mechanicznej z centralą wentylacyjną zwaną rekuperatorem. Pozbawiamy 
się tym sposobem ekonomicznego i ekologicznego rozwiązania. Planowany budynek straci na wartości i bieżących kosztach eksploatacyjnych.
2. Niewykonanie projektu instalacji wentylacji mechanicznej. Podczas planowania wentylacji i rekuperacji bardzo ważny jest projekt, w którym pojawi się dobre zbilansowanie potrzeb i możliwości wentylacyjnych budynku oraz określona zostanie najwłaściwsza wydajność urządzeń. Niezbędne jest szczególnie zaplanowanie właściwego miejsca montażu rekuperatora, czerpni i wyrzutni powietrza, anemostatów oraz trasy prowadzenia przewodów. Muszą one uwzględniać obecność innych instalacji niezbędnych w planowanym domu. Jednoczesne zestawienie ich zawarte w projekcie ułatwi nam określenie przewidywanych kosztów materiałów oraz wykonawstwa, co ułatwi porównanie rożnych ofert.
3. Wykonanie instalacji niezgodne z projektem. Odstępstwa od założeń projektu mogą być kosztowne, a system wentylacji może nie spełnić naszych oczekiwań. Wystarczy, że zmienimy zaleconą w projekcie wydajność rekuperatora, a to będzie się przekładać na duże koszty energii. Podobnie – zmiana lokalizacji rekuperatora czy też średnic przewodów albo skomplikowanie ich przebiegu spowodują wzrost awaryjności, poziomu hałasu oraz kosztów eksploatacji.
4. Brak izolacji na przewodach wentylacyjnych sprawia, że przewody „pocą się”. Z zimnego powietrza dostarczanego z zewnątrz wykrapla się para wodna (szczególnie na odcinku od czerpni do rekuperatora). Skropliny mogą wnikać w ocieplenia czy obudowy z płyt gipsowo-kartonowych i niszczyć je. Dlatego warto przewody te ocieplić 2-3 centymetrową warstwą wełny mineralnej lub pianki kauczukowej. Można także ułożyć kanały z płyt z wełny, co dodatkowo wygłuszy system wentylacyjny. Dostępne na rynku są także kanały z tworzyw sztucznych oraz z aluminium.
5. Oszranianie wymiennika ciepła – następuje wówczas, gdy na zewnątrz jest niska temperatura, a para z ciepłego powietrza usuwanego z wnętrz skrapla się 
tworząc szron. Szron zatyka kanały w wymienniku i ogranicza przepływ powietrza. Warto więc zastosować nagrzewnicę wstępną zasilaną prądem albo wyposażyć urządzenie w system odmrażający wymiennik. Odmrażanie może wówczas następować dzięki wyłączeniu jednego z wentylatorów albo przez okresową redukcję obrotów wentylatora nawiewnego. Można w tym celu zastosować także np. gruntowy wymiennik ciepła, który z rur ułożonych w ziemi dostarcza zimą wstępnie podgrzane powietrze.
6. Brak odpowiedniego sterownika. Ręczne regulowanie temperatury, wilgotności czy sprawdzanie poprawności działania instalacji może okazać się uciążliwe i zawodne. W czasie nieobecności domowników wystarczy ustawienie minimalne (dyżurne). Warto zastosować nowoczesny sterownik, który można zaprogramować na dobowy cykl działania. Będzie on automatycznie reagował na zmiany i sygnalizował o uszkodzeniach czy konieczności przeglądu instalacji.
7. Brak przewidywania obecności innych urządzeń. Możemy spotkać się z problemami, gdy zechcemy zainstalować w domu z mechaniczną wentylacją np. kominek albo gazowy kocioł grzewczy. System wentylacji mechanicznej przy szczelnych przegrodach nie jest w stanie dostarczyć odpowiedniej ilości powietrza dla tradycyjnego kominka czy też zwykłego kotła gazowego. Musimy wówczas zastosować wkład kominkowy z odpowiednim doprowadzeniem do niego powietrza z zewnątrz specjalnym kanałem. Jeśli chodzi o gazowy kocioł grzewczy, to sprawdzi się jedynie taki, który posiada zamkniętą komorę spalania i nie czerpie powietrza z pomieszczenia. Odpowiednie będą też wszelkie kotły kondensacyjne, które pobierają powietrze bezpośrednio z zewnątrz za pomocą specjalnego układu rur.
